Существуют ограничения на прокладку в общих проходных каналах и туннелях трубопроводов ядохимикатов и отравляющих веществ. В проходных каналах и туннелях затруднительно организовать ответвления инженерных сетей, размещение запорной арматуры, воздушников и сооружение компенсаторных ниш. Каждый проходной канал и туннель должен иметь автономную систему принудительной вентиляции, сообщающиеся с поверхностью земли входы-выходы, надежную систему освещения. Системы проходных каналов и туннелей весьма затруднительно сооружать в районах с высоким уровнем стояния грунтовых вод, а также в районах вечной мерзлоты. Эксплуатация совмещенных инженерных сетей, проложенных в подземных проходных каналах и туннелях, сложнее и менее безопасна, чем сетей, проложенных по проходным надземным эстакадам. Стоимость строительства проходных каналов и особенно туннелей значительно выше стоимости соответствующих эстакад. Однако подземные проходные каналы и туннели в ряде, случаев являются весьма полезными и необходимыми.